Techniki otrzymywania zwierząt transgenicznych
Sposób, w jaki wprowadzimy obcy DNA do genomu jest zdeterminowany przede wszystkim przez rodzaj posiadanej konstrukcji genowej, cel eksperymentu i gatunek zwierzęcia.
Wszystkie aspekty transgenizacji są ze sobą ściśle powiązane, a wybór jednego z nich pociąga za sobą konieczność stosowania określonych procedur.
Do zasadniczych metod tworzenia zwierząt transgenicznych zalicza się:
1. mikroiniekcję DNA do przedjądrza zygoty,
2. modyfikację komórek zarodkowych (ES),
3. transfer wirusowy,
4. klonowanie somatyczne,
5. włączanie i wyłączanie genów.
1. Mikroiniekcja DNA
Wprowadzenie egzogennego DNA do zygoty przeprowadza się przed połączeniem się przedjądrza żeńskiego i męskiego. W celu uzyskania owulacji indukowanej oraz zdobycia znacznej liczby zygot (superowulacja), samice poddaje się stymulacji hormonalnej gonadotropinami przed dniem planowanego skrzyżowania z samcem. Po określonym czasie zapłodnione komórki jajowe wypłukuje się z jajowodów, oczyszcza i używając
szklanej mikropipety sterowanej za pośrednictwem mikromanipulatora wprowadza się do nich roztwór DNA zawierający około 50–1000 kopii transgenu. Na tym etapie procedury widoczne są dwa przedjądrza i którekolwiek z nich może zostać użyte do mikroiniekcji, aczkolwiek częściej stosuje się większe przedjądrze męskie. Nie bez znaczenia jest też to, że przedjądrze męskie charakteryzuje się większą aktywnością transkrypcyjną od żeńskiego dzięki większemu stopniowi dekondensacji chromatyny. Na skutek iniekcji przedjądrze męskie ulega powiększeniu. Istotna dla powodzenia procedury jest również faza cyklu komórkowego zygoty. Okazuje się, że najłatwiej uzyskuje się efekt integracji obcego DNA w czasie fazy S cyklu komórkowego, kiedy ma miejsce synteza DNA. Replikacja DNA jest podejmowana tuż po uformowaniu się przedjądrzy, a ulega zakończeniu przed ich fuzją.
Świeżo uformowane przedjądrze męskie jest oddalone od żeńskiego i znajduje się pod błoną komórkową, co jest oznaką wczesnej fazy S. W późnej fazie S przedjądrza są już większe i położone bliżej siebie. Kryteria morfologiczne, o których wspomniano pozwalają ocenić przydatność zygot do procedury mikroiniekcji. Integracja transgenu może mieć miejsce również w trakcie drugiego cyklu replikacji DNA, jednak w konsekwencji tego zdarzenia może powstać zwierzę, którego część komórek będzie posiadała transgen,
a część nie (chimera). Jeśli transgen nie zostanie przekazany do komórek prapłciowych, wyprowadzenie linii transgenicznej nie będzie możliwe. Nastrzyknięte zygoty są najczęściej hodowane in vitro do stadium 2- lub 4-komórkowego i następnie przenoszone do matek zastępczych, których cykl płciowy synchronizuje się tak, aby możliwe było zagnieżdżenie się wprowadzanych zarodków. Matki zastępcze uzyskuje się poprzez łączenie
samic z samcami poddanymi wasektomii. Samą procedurę mikroiniekcji przeżywa około 50–60% zygot, a transfer do jajowodów – 30%. Z urodzonego potomstwa około 15% osobników posiada zintegrowany transgen. Z tego część tylko wykazuje jego ekspresję, dając w efekcie końcowym wydajność metody rzędu 4%.
Mechanizm molekularny integracji obcego DNA do genomu gospodarza jest jeszcze słabo poznany. Prawdopodobnie najważniejszą rolę odgrywają w nim procesy naprawy DNA. Transgen jest wbudowywany w sposób losowy, nie dając możliwości wyboru miejsca jego integracji. Nie jest możliwe także kontrolowanie liczby kopii transgenu, która się wbuduje do genomu. Zazwyczaj transgen integruje do danego miejsca w formie wielokrotnych kopii wprowadzanego odcinka DNA. Mówi się wtedy o tandemach, które mogą być proste (gdy orientacja ich jest identyczna) lub odwrócone (gdy orientacje są przeciwne). Sekwencje tandemowe powstają jeszcze przed momentem integracji na skutek łączenia końców lub rekombinacji homologicznej pomiędzy cząsteczkami transgenu. Najczęściej DNA włącza się w jednym lub kilku miejscach chromosomu. Uważa się, że preferowanym miejscem integracji są regiony niestabilne chromosomów. Zauważono również
krótkie (3 pz) odcinki homologii pomiędzy końcami transgenu i DNA gospodarza. W wyniku procesu integracji może dojść do powstania delecji w genomie zygoty oraz krótkich delecji w miejscach połączeń pomiędzy poszczególnymi kopiami transgenu w tandemie. W związku z ewentualnością uszkodzenia istotnych sekwencji w genomie gospodarza do badań najczęściej używane są zwierzęta heterozygotyczne. Dla potrzeb komercyjnych heterozygoty nie są jednak stosowane.
Udany proces integracji transgenu nie gwarantuje jeszcze uzyskania efektu fenotypowego właściwego dla wprowadzanych sekwencji. Wyniki doświadczeń na różnych gatunkach zwierząt dowodzą, że ponad połowa uzyskanych zwierząt transgenicznych nie wykazuje ekspresji transgenu. Efekt ten jest spowodowany najczęściej wbudowaniem konstrukcji genowej do obszaru chromatyny nieaktywnej transkrypcyjnie (heterochromatyna).
Nawet sąsiedztwo obszaru nieaktywnego może hamować ekspresję transgenu. Znany jest także efekt mozaikowości ekspresji w pobliżu heterochromatyny (position effect variegation), wpływający na geny wbudowane na pograniczu obszarów nieaktywnej chromatyny.
Objawia się on niestabilną ekspresją transgenu zależną od okresowej ekspansji heterochromatyny.
Próbuje się temu zapobiec poprzez stosowanie izolatorów chromosomowych lub regionów połączenia DNA z macierzą jądrową (MAR, matrix associated region), otaczając nimi geny zawarte w konstrukcie DNA. Dzięki obecności tych elementów wprowadzane geny tworzą minidomenę, której aktywność jest niezależna od otaczającej ją chromatyny. Innym problemem wynikającym z obecności wielu kopii transgenu jest ich
inaktywacja na skutek postępującej z pokolenia na pokolenie metylacji. Wiadomo, że obecność sekwencji tandemowych sprzyja metylacji DNA. Stosowanie izolatorów chromosomowych jest pomocne również w tym wypadku. Można temu także zapobiec przez pozostawienie tylko jednej kopii transgenu. Jest to możliwe dzięki zastosowaniu fagowych lub drożdżowych rekombinaz (Cre i Flp) rozpoznających specyficzne sekwencje (zasady działania rekombinaz Cre i Flp opisano dalej). Wprowadzenie tych sekwencji do tworzonej
konstrukcji genowej oraz iniekcja aktywnych rekombinaz do zygoty poddanej mikroiniekcji pozwala uzyskać wspomniany efekt.
Mikroiniekcja DNA do przedjądrza zygoty jest najczęstszą metodą transgenezy. Można ją stosować u wielu gatunków zwierząt, uwzględniając przy tym różnice w ich cyklach rozrodczych.
2. Modyfikacja komórek zarodkowych (ES)
Uzyskiwanie zwierząt transgenicznych poprzez modyfikację embrionalnych komórek zarodkowych jest ograniczone do tych gatunków, u których opracowano metodę hodowli komórek ES, które nie tracą zdolności do zasiedlania linii komórek prapłciowych. Zasadniczo jest to obecnie wykonalne tylko u myszy. Komórki ES pozyskuje się z węzła zarodkowego blastocysty, a następnie hoduje w warunkach in vitro w taki sposób, aby nie dopuścić do ich różnicowania oraz utraty pluripotencji (zdolności do różnicowania się w tkanki dowolnego listka zarodkowego). Hodowla komórek ES wymaga utrzymania pewnego reżimu, co znajduje później odzwierciedlenie w dalszych etapach transgenezy. Najbardziej istotnymi czynnikami utrzymującymi te komórki w stanie niezróżnicowanym są: hodowla na warstwie komórek odżywczych (są nimi płodowe fibroblasty myszy, niezdolne do podziałów na skutek podania cytostatyku), pożywka zawierająca wysokie stężenie surowicy z dodatkiem czynnika przeciwbiałaczkowego (LIF, leukaemia inhibitory factor) oraz umiejętne pasażowanie niedopuszczające do przerostu hodowli. Coraz częściej optymalizuje się skład pożywki hodowlanej, tak aby zbędne było stosowanie komórek odżywczych. Po uzyskaniu dostatecznej liczby komórek ES wprowadzana jest do nich konstrukcja genowa za pomocą jednej z powszechnych metod transfekcji (elektroporacja, lipofekcja, precypitacja fosforanu wapnia). W czasie kilkunastu godzin od momentu
wprowadzenia egzogennego DNA zachodzi proces integracji. Po tym czasie do pożywki hodowlanej dodawany jest czynnik selekcyjny, umożliwiający eliminację tych komórek, które nie przyjęły konstrukcji genowej warunkującej m.in. oporność na dany czynnik. Jeśli stworzona konstrukcja genowa będzie zawierała również gen selekcji negatywnej, pożywka będzie wzbogacona o jeszcze jeden czynnik selekcyjny. Po około 10 dniach selekcji w hodowli pozostaną tylko komórki, które wbudowały transgen do swojego genomu. Na tym etapie komórki tworzą nieduże, ale makroskopowo widoczne kolonie (każda wywodzi się od pojedynczej komórki). Każdą kolonię przenosi się do osobnego naczynia hodowlanego, uzyskując tym samym odrębne klony. Część z nich będzie posiadało transgen wbudowany losowo, a część w tym locus, do którego zostały wcześniej zaprojektowane odcinki sekwencji homologicznych. Przy zastosowaniu selekcji negatywnej udział tych
ostatnich komórek będzie większy. Otrzymane klony poddaje się procedurze genotypowania w celu identyfikacji tych, w których transgen został wbudowany do oczekiwanego locus. Klony komórek, które spełniają założone kryteria są namnażane i przy użyciu mikropipety sterowanej mikromanipulatorem
wprowadzane do jamy blastocysty, która po krótkiej regeneracji jest przenoszona do jajowodów matki zastępczej. W praktyce najczęściej stosuje się blastocysty pochodzące od zwierząt o odmiennym ubarwieniu (np. komórki ES myszy szczepu 129/Sv – agouti, a blastocysty od C57BL/6 – czarne), dzięki czemu łatwiej jest oszacować poziom chimeryzmu na podstawie mieszanego ubarwienia sierści. Wprowadzane komórki ES w różnym stopniu mogą uczestniczyć w rozwoju embrionalnym zarodków (trzeba pamiętać, że użyta
blastocysta też posiada swoje komórki węzła zarodkowego), a co za tym idzie, niekoniecznie muszą dać początek linii komórek płciowych, dzięki którym możliwe jest wyprowadzenie linii transgenicznej. Dlatego z pierwszego uzyskanego miotu wybierane są zwierzęta o największym poziomie chimeryzmu i krzyżowane dalej z określonym szczepem. Część potomstwa chimer jest heterozygotyczna (ubarwienie jednolite, np. agouti)
i dopiero dalsze krzyżowanie heterozygot może doprowadzić do uzyskania zwierząt homozygotycznych
(z całkowicie zmienionym locus na obydwu chromosomach homologicznych) (ryc. 10).
Transgen może ulec integracji w wyniku rekombinacji homologicznej na dwa sposoby. Są one uzależnione od tego, w jaki sposób zostaną zaprojektowane odcinki sekwencji homologicznych w konstrukcji genowej. Jeśli będą to fragmenty o orientacji identycznej z orientacją sekwencji docelowej, nastąpi zastąpienie części chromosomalnego DNA (homologiczna wymiana genów). W konsekwencji chromosom może ulec wydłużeniu lub skróceniu o długość odcinka zawartego pomiędzy regionami homologicznymi użytej konstrukcji genowej. Jest to najczęściej stosowany mechanizm transgenezy. Jeśli odcinki sekwencji homologicznych w konstrukcji będą miały orientację odwróconą w stosunku do natywnego locus, nastąpi insercja transgenu oraz związane z tym wydłużenie chromosomu. Wydajność procesu integracji jest wprost proporcjonalna do długości regionu homologii w DNA konstrukcji genowej. Zwiększenie długości tych regionów zwykle powoduje wzrost częstości rekombinacji homologicznej. Stosowanie omawianej metody transgenezy pozwala z dużym prawdopodobieństwem oszacować aktywność wprowadzanej konstrukcji genowej. Wprowadzanie transgenu
do znanego i zbadanego locus pozwala najczęściej oczekiwać zadowalającej ekspresji. Możliwe jest również pilotażowe testowanie zachowania wprowadzonej konstrukcji genowej na poziomie otrzymanych klonów embrionalnych komórek zarodkowych. Co więcej, można komórki ES poddać procesowi różnicowania in vitro w dowolny rodzaj tkanki i analizować aktywność transgenu w kontekście tkankowo specyficznego programu genetycznego. Należy jednak pamiętać, że efekt działania transgenu (jak również wielu genów natywnych)
może być różny w zależności od tzw. tła genetycznego, rozumianego jako połączony wpływ wszystkich genów organizmu na efekt fenotypowy aktywności badanego genu. Innymi słowy, ten sam gen w jednym szczepie myszy może wpływać na jej fizjologię inaczej niż w innym. Wynika to z drobnych, ale czasem istotnych różnic w sekwencji DNA. Z tego powodu uzyskane linie transgeniczne najczęściej krzyżuje się wstecznie przez kilka pokoleń do uzyskania jednolitego tła genetycznego. Powszechnie stosuje się do tego celu standardowy szczep C57BL/6.
Ryc. 10. Uzyskiwanie myszy transgenicznych porzez modyfikację zarodkowych komórek macierzystych(ES). Pomiędzy wprowadzeniem transgenu i transferem komórek ES do blastocysty przeprowadza się proces selekcji, a przeżywające klony komórkowe poddaje genotypowaniu. Zwierzęta powstające w kolejnych
krzyżówkach też są genotypowane.
3. Transfer wirusowy
Główną zaletą tworzenia zwierząt transgenicznych przez infekcje wirusowe jest duża wydajność metody (osiąga się do 80% potomstwa z transgenem) oraz dowolność wykorzystywanego materiału. Stosuje się zarówno infekcje zarodków, jak i komórek ES. Wadą tej metody jest ograniczona wielkość transgenu, który może być wprowadzony do wektora wirusowego oraz częste, zwłaszcza w odniesieniu do retrowirusów, wyciszanie ich ekspresji. Osłabienie ekspresji genów retrowirusowych wynika z metylacji sekwencji
wirusowych oraz otaczających je odcinków DNA gospodarza. Ponadto czynniki działające w układzie trans, wiążąc się do wirusowych promotorów w długich powtórzeniach końcowych (LTR, long terminal repeats) dodatkowo obniżają aktywność transgenu. Dotychczas metoda oparta na retrowirusach była rzadko stosowana. Obecnie wiąże się duże nadzieje z zastosowaniem lentiwirusów (należących również do rodziny Retroviridae), których ekspresja nie ulega wyciszaniu. Wielkość ich genomu wynosi ok. 8 kpz i podobnie transgen musi być odpowiednio mniejszy. Udało się tą metodą wprowadzić do genomu świni gen reporterowy GFP i uzyskać jego ekspresję we wszystkich tkankach u 12% transfekowanych zarodków. Metoda ta wymaga przygotowania konstrukcji retrowirusowej oraz posiadania specjalnej linii komórek pakujących. Konstrukcję retrowirusową przygotowuje się w ten sposób, że eliminuje się wirusowe geny gag, pol i env, a na ich miejsce wklonowuje się badany gen. Taka konstrukcja genowa jest wprowadzana do komórek pakujących, które zapewniają syntezę elementów strukturalnych wirusa oraz składanie jego cząstek, które będą posiadały materiał genetyczny w formie RNA, a także zapas enzymów koniecznych do odwrotnej transkrypcji oraz integracji w komórkach gospodarza (odpowiednio: odwrotna transkryptaza i integraza). Zebrane z hodowli komórkowej wirusy można użyć do infekowania zygot lub komórek ES. Materiał genetyczny wirusa integruje do genomu gospodarza
w sposób losowy w kilku miejscach, jest dziedziczony i nie powoduje powstawania nowych cząsteczek wirusa (brak genów kodujących elementy osłonki).
4. Klonowanie somatyczne
Klonowanie somatyczne polega na wprowadzeniu do enukleowanego (pozbawionego jądra) oocytu, jądra komórki somatycznej, a więc diploidalnej. Uzyskuje się tym samym organizm genetycznie identyczny z dawcą materiału genetycznego. Materiał genetyczny można pozyskać zarówno ze zmodyfikowanych genetycznie, jak i niezmienionych komórek. W tym pierwszym przypadku może to być teoretycznie dowolna linia komórkowa,
jak również komórki zarodkowe. Tym samym istnieje tutaj możliwość wyboru rodzaju transgenezy: losowej z określoną liczbą kopii transgenu lub celowanej do określonego locus chromosomalnego. Modyfikacja genetyczna może być zatem przeprowadzona in vitro w dowolny z opisanych wcześniej sposobów, wykorzystując zalety selekcji oraz genotypowania przed podjęciem kolejnych kroków. Jądro komórki-dawcy musi być w odpowiedni sposób przygotowane do transplantacji. Dla powodzenia procedury istotna jest faza cyklu komórkowego, w którym się znajduje. Najlepsze efekty umożliwia zastosowanie komórki w fazie spoczynku – G1/G0 (wprowadzenie jąder w fazie S cyklu może doprowadzić do poważnych uszkodzeń chromosomów). Osiąga się to poprzez głodzenie hodowli komórkowej (hodowla w pożywce z obniżonym stężeniem lub bez surowicy). Tak przygotowane jądra mogą w odpowiedni sposób zostać przeprogramowane przez czynniki regulacyjne zawarte w oocycie. Dzięki temu powstanie totipotencjalna komórka, a z niej całkowicie transgeniczny organizm. Od strony metodycznej technika transplantacji jąder komórkowych polega na mikrochirurgicznym usunięciu chromosomów oocytu, umieszczeniu komórki somatycznej pod osłonką przejrzystą oocytu oraz połączeniu obydwu komórek w procesie elektrofuzji. Podawane w tym czasie impulsy prądu stałego powodują jednocześnie aktywację oocytu do dalszych podziałów. Po osiągnięciu stadium
moruli lub blastocysty w warunkach in vitro zarodki są przenoszone do matek zastępczych. Zaletami metody jest możliwość wyboru płci zwierzęcia rodzącego się w pierwszym miocie (przez wybór komórki-dawcy), możliwość wyboru tła genetycznego (np. wysokomleczne krowy), możliwość sprawdzenia ekspresji transgenu w warunkach hodowli komórkowej, przydatność dla wielu gatunków zwierząt gospodarskich oraz gwarancja, że wszystkie zwierzęta w miocie są transgeniczne. Wadą tej metody jest jej mała wydajność (1 – 5% re...
Elesmera